La loi du 28 pluviôse an VIII (17 février 1800) modifie le découpage territorial en remplaçant le district par l’arrondissement, elle créé les arrondissements d’Auch, Condom, Lectoure, Lombez et Mirande. Selon l’article 3 de cette loi, le préfet est chargé seul de l’administration du département, en qualité de représentant direct du gouvernement. Le préfet s’appuie sur le conseil général qui détient surtout des attributions d’ordre budgétaire. Les Archives du Gers conservent les procès-verbaux manuscrits des délibérations entre 1800 et 1876 dans leur sous-série 1 N.
Par la loi du 10 mai 1838, le conseil général devient l’assemblée représentative du département tandis que l’exécutif reste entre les mains du préfet. Il se réunit une fois par an et donne lieu à des rapports du préfet et des procès-verbaux de délibérations.
La loi du 10 août 1871 confère au conseil général des compétences élargis. Ce dernier devient une entité de plein droit même s’il reste sous la tutelle du préfet. Les conseillers sont élus au niveau du canton pour six ans et se réunissent deux fois par an en session ordinaire (avril et août) et parfois en session extraordinaire. Cette même loi instaure une commission départementale chargée de contrôler l’administration préfectorale entre les sessions ordinaires. Elle se réunit tous les mois et produit des procès-verbaux de délibérations conservés dans la sous-série 1 N des Archives départementales et dans le versement 1799 W à partir de 1940.
Ce fonctionnement perdure jusqu’aux lois de décentralisation de 1982-1983 qui suppriment la tutelle de l’État sur les collectivités territoriales. Le président du Conseil général devient l’exécutif du département à la place du préfet.